2014年，内蒙古自治区国控、自治区控地表水环境监测网实际监测黄河、辽河、松花江、海河流域和内流河干支流40条（72个断面）、湖库8个。

全区河流水质总体评价为轻度污染，主要污染指标为化学需氧量、高锰酸盐指数、生化需氧量、石油类、总磷。72个断面中，Ⅰ类～Ⅲ类水质断面46个，占63.9%；Ⅳ类～Ⅴ类水质断面19个，占26.4%；劣Ⅴ类水质断面7个，占9.7%。与2013年相比，Ⅰ类～Ⅲ类水质断面比例上升4.2个百分点，劣Ⅴ类水质断面比例持平，水质无明显变化。

在各水系水质情况中，黄河干流水质良好，支流以重度污染为主。重度污染的支流有总排干、昆都仑河、西河、东河、大黑河、小黑河，主要污染指标为化学需氧量、生化需氧量、总磷、高锰酸盐指数。与上年相比，黄河干、支流水质均无明显变化。

西辽河水系水质和海河水系总体评价均为轻度污染，松花江水系（包括额尔古纳河水系和嫩江水系）额尔古纳河水系干、支流水质均为轻度污染，主要污染指标为化学需氧量和高锰酸盐指数。嫩江水系水质总体评价为优。其中嫩江干流水质良好，支流优。与上年相比，支流归流河水质好转，嫩江干流和其他支流水质无明显变化。

2014年，全区重点监测5个湖泊、3座水库（贝尔湖、达赉湖、达里诺尔湖、岱海、乌梁素海和察尔森水库、莫力庙水库、红山水库）。贝尔湖水质为Ⅴ类，其他4个湖泊水质均为劣Ⅴ类。察尔森水库水质为Ⅲ类、莫力庙水库水质为Ⅳ类、红山水库水质为Ⅴ类。主要污染指标为化学需氧量、总磷、高锰酸盐指数。与2013年相比，贝尔湖水质好转，其他湖泊、水库水质无明显变化。

2014年， 内蒙古自治区13个城市共监测地市级集中式饮用水水源地59个，其中地下水水源地52个，地表水水源地7个。全区地市级集中式饮用水水源地取水总量为62520万吨，按取水量统计，取水水质达标率达90.2%，较上年下降1.7个百分点。2009年～2014年，全区地市级集中式饮用水水源地水质保持稳定。