一是排放权发放超过实际排放量问题。例如，在2005 年，所发放的排放权超过实际排放量4%，没有一个产业的排放权处于短缺状态，钢铁、造纸、陶瓷和厨具部门的排放权发放量甚至超过实际排放量的20%。排放权总量过多，导致排放权价格下降，环境约束软化，企业失去采取措施降低二氧化碳排放的积极性。针对这个问题，欧盟在排放体系实施的第二阶段，下调了年排放权总量。调整后的年排放权平均比2005 年低6%。

二是排放权免费分配问题。第一阶段排放权是免费发放给企业的，并且电力行业发放过多，结果电力行业并没有用排放权抵免实际排放量，而是把排放权放到市场上出售，获取暴利。在第二阶段，政府提高了许可权拍卖的比例，并降低了电力部门的发放上限，迫使电力企业采取措施降低碳排放。

三是微观数据的缺失问题。欧盟排放交易体系试运行时，工厂层次上的二氧化碳的排放数据是不存在的，排放权只能根据估计发放给企业，由此排放权发放过多、市场价格大幅波动等诸多问题。但欧盟利用三年试验期，不断地收集、修正企业层次上的碳排放的数据，现已建立庞大的能支持欧盟决策的关于企业碳排放的数据库。