第一，配额总量宽松，由于欧盟实施“国家分配计划（NAPs）”，给予各成员国温室气体减排责任总量的设定主权，然而各国利用NAPs制度来保护本国相关产业利益，最终导致配额超量，完全违背了该制度的初衷。
第二，气体种类过窄，第一期、第二期欧盟排放交易机制仅覆盖二氧化碳，对于其他温室气体，比如甲烷、氧化亚氮等并没有正式纳入，而实际上这些气体排放总量占到总体排放的20%之多。
第三，行业覆盖不足，欧盟排放交易机制在第一阶段仅覆盖了45%二氧化
碳排放量，许多二氧化碳排放量大的行业并没有被纳入控排行列，到了第二阶段，欧盟才开始逐步增加所覆盖的行业。
易碳家
第四，免费配额过多，第一期与第二期免费配额的比例分别为95%及90%，而通过拍卖分配的配额在第一期不足0.2%，第二期也仅为3%左右，过多的免费配额为碳
排放权市场的发展产生了一定负面影响，使交易体系效率下降。
第五，“祖父规则”
问题，污染者主要根据历史排放情况获得免费排放权，也就是说污染越大的企业反而能够获得更多的免费配额，这变相奖励了排放量大的企业，却惩罚了本该受到奖励的采取有效措施减排的企业。
易碳家
第六，配额抵消过多，欧盟排放权交易机制允许使用清洁发展机制和联合履约机制产生的信用（credit）来抵销排放。欧盟使用清洁发展机制和联合履约机制的总量最多为减排努力（ReductionEffort）的50%，规定第二期每个排放设施使用补偿信用的数量不低于其配额的10%。
