由于跨区域碳市场覆盖地区和行业企业相对较多，加之各地区和行业企业的经济发展水平、能源消费结构、产业结构、排放情况、减排成本存在明显差别，因此跨区域碳市场纳入门槛不能“一刀切”，应在保证完成跨区域碳市场减排目标的前提下，根据不同地区经济发展水平和产业发展需求，设定合理的纳入门槛。例如，第三产业为主且经济较发达的地区纳入门槛可以较低，而第二产业为主且经济欠发达地区的纳入门槛可以相对较高；同一行业在经济发达地区的纳入门槛可以较低，反之在经济欠发达地区的纳入门槛可以较高；高耗能企业纳入门槛可以相对较低，而低耗能企业纳入门槛可以相对较高。总之跨区域碳市场纳入门槛既要因地制宜，考虑地方和行业的差异性，考虑数据的准确性和可获得性，又要使其与碳市场覆盖范围、排放总量和分配方法等要素相匹配。
