配额分配的焦点在于控排企业是否需要为配额付费，根据是否付费，配额的分配方式主要分为免费分配和拍卖。当前，各国排放交易体系的初期分配方式大都以免费分配为主，因为免费分配更易推广且不会增加企业负担。然而，鉴于免费分配在公平性、效率性等方面存在诸多不足，不少学者主张采取拍卖方法。从国际实践来看，RGGI的配额分配主要通过拍卖来进行，欧盟也在不断扩大拍卖分配的比重。

采用免费分配更有利于保证经济增长，而要想实现更高的减排效率，拍卖分配是必然选择。经济发展仍是我国当前的首要任务，因此100%的配额拍卖并不现实。但面对越来越严重的环境问题，一个低效或无效的排放交易体系对我国意义不大。因此，在初期我国的配额分配应同时考虑减排效率与经济发展，平衡好有偿配额与免费配额的比例。