而对于企业碳排放权的内控管理应涉及期初、期中、期末三个时间节点进行宏观规划。每年年期初或上年年末，管理层应根据本年预算收入计划，计算本年产量，从而估算本年二氧化碳预计排放量并与当年可获得的碳配额进行对比。根据差额的多少，使用科学的决策方法，对从开展内部减排项目、合理分配配额、购买或出售配额以及购买ccer等所有可选项进行财务评估，从中选择成本最低资金效率最高使用企业资源最少的决策方案，实施最优战略。

在制定完当年的碳排放权战略后，如果在执行阶段没有有效的风险监控和预警制度，则计划只能流于形式而无法对企业产生任何实质性贡献。所以每月或每季度须将实际碳排放使用情况与预算进行对比，才能及时发现异常项，分析差异原因以及调整以后阶段的碳排放策略从而保证全年的碳排放权任务顺利完成。

而到期末则应对全年实际排放量与预估排放量进行对比，分析本年项目执行中的不足以及期初预算时为考虑到的特殊事项，并寻找解决方法，以此完善下一个周期的碳排放计划。