重要生态功能保护区属于禁止和限制开发地区，而且主要分布在老、少、边、贫的山区或是少数民族自治区。为了保护良好的生态环境，限制、禁止开发这些地区，当地就要付出财政成本和发展机会成本。因此，必须尽快建立完善生态补偿制度，保证功能区规划落到实处。

清新的空气、清洁的水源、宜人的气候等生态产品与农产品、工业品一样，都是人类生存发展所必需的。生态产品的主体功能体现在改善生态环境质量、水源涵养、水土保持、保护生物多样性等。因此，生态产品不仅能使某一个地区或者某一家企业受益，而是具有社会性。党的十八届三中全会提出，要健全自然资源资产产权制度和用途管制制度，划定生态保护红线，实行资源有偿使用制度和生态补偿制度，改革生态环境保护管理体制。可见，生态补偿制度是生态文明制度体系的重要组成内容，是推进生态文明建设的基本制度保障。

首先，生态补偿制度可促进生态区转型发展。建立生态补偿制度就是要实现人与自然和谐发展，对资源的开发利用要建立在生态系统的自我恢复能力可承受范围之内，实现可持续发展。以湖南省江华瑶族自治县为例，近年来，自治县大力实施生态立县战略，编制了《江华瑶族自治县国家级生态县建设规划》，并根据自然条件将全县划分为4个生态经济区，实施生态林业、生态农业、生态工业、生态旅游业，实现经济转型发展。

其次，生态补偿制度可促进生态区持续发展。《全国主体功能区规划》制定了优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发等政策。限制开发、禁止开发区大多是经济欠发展的边远山区，如果没有生态补偿制度保障，生态功能区保护就难以取得实效。

第三，生态补偿制度可均衡生态区发展机会成本。生态补偿制度加强了对生态功能区的扶持力度，使生态功能区内的民众在心理上取得平衡，进而提高其保护生态的积极性。比如，江华瑶族自治县境内矿产资源丰富，多金属成矿带贯穿。但是，为推动湘江源头地区全国生态文明先行示范区建设，江华瑶族自治县将进一步扩大禁采区范围，对原已设置的矿业权不再给予延续，并制定相应的退出补偿和赔偿机制。

第四，生态补偿制度可弥补生态区财政民生成本。限制、禁止开发，生态保护区就要付出财政民生成本。生态补偿制度通过一定的政策手段实现对生态环境保护投资者的合理回报，增强生态产品的生产和供给能力，激励人们从事生态环境保护投资并使生态环境资本增值，使生态环境保护成为自觉的行为。