在碳排放初始分配方面，国家和各地发展和改革委员会是配额管理主管部门，负责提出配额分配方案，组织年度配额免费和有偿发放，配额日常管理及配额登记系统监管，受理企业和单位申诉，向社会公布相关信息等工作。但因为碳排放额度初始分配涉及全国二氧化碳排放总量、地区基本排放额度、重点行业排放额度等确定，需要电力、水泥、钢铁、石化、陶瓷、有色金属、纺织、塑料、造纸等工业行业、公共建筑、交通运输领域的行政主管部门的协同、配合。可见，碳排放配额总量控制与分配涉及众多且复杂的行政机关。而国务院发展和改革委员会只能规定部门规章，在中央层级立法体系中属于效力最低层级，难以对国家发展和改革委员会以外的其他部委起到很好的约束作用。建议由国务院制定行政法规——《碳排放配额总量控制与分配条例》，在该条例中尤其应注意加强排放权配额分配制度和程序的透明度和参与度，将碳排放指标分配的各个步骤、程序、环节和事项以及分配的基本原则和具体规则加以充分的公开，各地区、各企业甚至民众都能充分参与并发表自己的意见。要充分听取各产业部门、各行业协会或经济组织的意见，对于重要问题应当组织专家、学者、经济实务界人士，以及民众代表进行充分论证。通过程序公正对于这种特殊行政许可行为予以更严格法律约束，保证相关行政主管部门依法行政，公平分配碳排放配额。