2013年10月，深圳市人民政府法制办公室公布了《深圳市碳排放权管理暂行办法（征求意见稿）》，管理办法共八章八十二条，对配额管理、量化报告、核查与履约、碳排放权登记、碳排放权交易、监督管理等制定了详细的管理细则。

根据管理办法，深圳市配额分配分为有偿分配和无偿分配两种方式。有偿分配包括固定价格出售、拍卖等方式。主管部门在每年第一季度向控排单位签发无偿分配的配额，电力、燃气、供水行业基于行业基准进行配额分配，制造业企业则采用最优行业碳强度基准线和竞争博弈分配方法。

无偿分配的配额数量在下一年度要根据实际排放数据和生产数据进行调整，发电企业实际配额数量等于实际发电量乘以目标碳强度（碳配额=发电量×碳强度标准<9E型天然气发电机组碳强度标准为4.96Tco2-e/万kwh>），主管部门依据企业通过第三方机构核查过的温室气体排放报告，根据核定后的实际配额数量与预分配配额数量的差值进行增发或扣减。

管理办法规定，控排单位应当于每年6月30日前向主管部门履行履约义务。控排单位向主管部门提交的配额数量和可使用的核证自愿减排量（ccer）之和与其上一年度实际碳排放量相等的，视为完成履约义务。控排单位未在规定时间内提交足额配额或CCER履行提交义务的，由主管部门责令限期补交与超额排放量相等的配额；逾期未补交的，由主管部门从其登记账户中强制扣除；不足部分由主管部门从其下一年度配额中直接扣除，并处超额排放量乘以履约当月之前连续六个月碳排放权交易市场配额平均价格三倍的罚款。

从管理办法和实际实施情况看，深圳以碳强度下降作为硬性约束指标，控制碳排放配额总量并进行配额分配。发电企业最终获得无偿分配的配额数量是根据实际发电量对预分配量进行调整，而基于行业基准的碳强度指标始终不变，无偿分配的配额数量能否满足履行减排义务的实际碳排放量取决于发电企业实际碳强度（实际碳排放量/实际发电量）与行业基准值孰低孰高。如实际碳强度高于行业基准值，企业应要考虑增加投入节能减排成本以降低碳强度且可申请核证自愿减排量（CCER）或者从深圳碳排放权交易市场购入碳排放权弥补超额排放量产生的配额缺口，避免高额罚款。而对于技术和管理水平比较先进的发电企业，如果企业实际碳强度比行业基准线更低的话，可以获得相对富余的无偿分配的配额数量，并在碳交易中获利。