《方案》中，“推进设立船舶大气污染物排放控制区”和“积极推进ＬＮＧ燃料应用”备受关注。《方案》中提出将设立珠三角、长三角、环渤海（京津冀）水域船舶大气污染物排放控制区，控制船舶硫氧化物、氮氧化物和颗粒物排放。

具体时间表为，２０１５年底前，发布《珠三角、长三角、环渤海（京津冀）水域船舶排放控制区实施方案》，按照方案要求分阶段分步骤推进实施。在排放控制区内选择核心港口区域试点示范；适时评估试点示范效果，将排放控制要求扩大至排放控制区内所有港口。２０１８年底前，评估确定采取更加严格排放控制要求、扩大排放控制区范围以及其它进一步举措。

陈爱平表示，船舶造成的大气污染主要源于船舶发动机燃料燃烧，其排放强度与船舶发动机性能和燃油质量直接相关。《方案》提出在国内设立珠三角、长三角和环渤海（京津冀）三个船舶大气污染物排放控制区，分阶段有序推进，具体方案年内进一步征求有关部门、行业意见后另行发布。设立船舶排放控制区，通过在区内采取使用低硫船用燃油、靠泊专用岸电、升级船用发动机、加装尾气处理装置等措施，控制船舶硫氧化物、氮氧化物和颗粒物排放，是改善控制区内特别是主要港口所在城市的环境空气质量的重要举措，也将为我国全面控制船舶大气污染积累经验。

《方案》还提出，２０１５年底前，发布《防治船舶污染内河水域环境管理规定（修订）》、《水路危险货物运输管理规定》；会同有关部门出台《内河危险化学品禁运目录》。２０１６年底前，出台《码头船舶岸电设施工程技术规范》国家标准；出台《水运工程环境保护设计规范》。２０１７年底前，配合环境保护部制修订适合我国国情的码头油气排放相关标准。２０２０年底前，出台船舶天然气动力设施改造技术规范，编制船舶污染物排放监测系列技术标准。在推进设立船舶大气污染物排放控制区方面，方案提出２０１５年底前，发布《珠三角、长三角、环渤海（京津冀）水域船舶排放控制区实施方案》。

在积极推进ＬＮＧ燃料应用方面，《方案》提出２０１６年底前，修订完成《液化天然气码头设计规范》，制定《液化天然气加注码头设计规范》。在加强污染物排放监测和监管方面，方案提出推进实施《全国公路水路交通运输环境监测网总体规划》，２０２０年底前，初步建成水路交通运输环境监测网骨干框架。在优化水路运输组织方面，提出２０１５年底前，与中国铁路总公司联合研究推进重点港口疏港铁路“最后一公里”建设。２０１６年底前，加快现有集装箱海铁联运物联网应用示范工程建设。

交通运输部水运局局长李天碧接受媒体采访时解读认为，ＬＮＧ是国家优先推广的清洁能源，与使用燃油相比，使用ＬＮＧ能够显著降低硫氧化物、颗粒物等污染物的排放。针对近几年推动水运行业应用ＬＮＧ燃料过程中存在的问题，《方案》提出了进一步推动水运行业ＬＮＧ应用的配套措施，包括进一步完善ＬＮＧ加注设施的相关标准规范体系，统筹ＬＮＧ加注站点布局规划与建设，有序推进船舶与港口应用ＬＮＧ试点示范工作，逐步扩大ＬＮＧ燃料在水运行业的应用范围等。