自2004-2014年间，在清洁发展机制(
CDM)下，共交易了15亿的
减排证书，但该体系也有不少缺点。这导致证书系统丧失了其大部分价值，而整个体系也不停地遭到批评。有多项分析指出，许多环保项目并不能满足联合国的标准，而且没有实现真正的减排。
特别受到批评的还有一项“附加原则”：“依据这项原则，项目申请者必须证明，该项目只有当出售了减排指标，获得需要减排的国家的财政支持时，才能实施，”环保和二氧化碳抵消基金会的Gaëlle Fumeaux对瑞士资讯swissinfo.ch说。
世界自然基金会(WWF)表示，这项附加原则并未得到百分之百的遵守。“印度的风能项目就有这样的证书，但它同时还是政府要求推进的，风能项目无论如何都要建起来，”世界自然基金会瑞士分会发言人Pierrette Rey说。
对Rey来说，清洁发展机制10年来的效果是负面的：“我们认为，40%的证书都未取得重大效果，因为它并未带来温室气体的额外减排。而且许多证书的项目不能激发当地的可持续性发展”。
