碳商品是一种虚拟产品，它的制造过程非常特殊，成本无法事先确定，只有在完全竞争的市场条件下，通过场内交易的方式来定价。但配额市场是基于强制配额产生的市场，不是完全自由的市场。每个配额交易系统都会产生一个价格，这个价格与本国的减排成本直接相关，代表了一个国家或地区愿意购买的外部减排指标的最高出价，所以各国的配额价格通常也是不同的。由此，碳减排量的定价便存在着困难。主流的定价方式像CDM一样参考欧盟温室气体排放交易体系(EUETS)或其他交易平台的二级市场价格，同时结合场外的议价。另一种方式是采用场内交易，自动生成价格。但无论怎样，都会带来同样的结果：减排量总是流向价格最高的配额交易系统。