就核查机构而言，大部分试点通过政府出资，为企业分配相应的核查机构。这样的方式在碳市场初期能降低企业的参与成本，提高企业参与碳市场的积极性，同时也避免了企业和核查机构的利益关联，保证核查的客观、独立和公正。而深圳则率先采取了企业出资，自主选择核查机构的方式，北京在2015年也采取了该方式分配核查机构。企业出资自主选择核查机构的方式也是EU ETS等碳排放权交易体系采取的方式。在这种方式下，核查机构的核查能力、报告质量、数据准确性将是核心竞争要素，是碳排放权交易向市场化迈进的重要一步。这种方式有助于核查机构的良性竞争，促进其业务水平的提高，但由于核查机构较多，也容易出现核查机构间的恶性竞争、标准难以统一等问题。为此，北京和深圳对核查机构进行了严格规范。