首先，行业景气周期发生结构性变化。在基准年前后，钢铁和水泥行业较为萧条，停产停工现象较为突出，而电力行业恰恰相反，处于满负荷运行阶段。因此导致钢铁和水泥行业配额分配较紧，电力行业分配较松。当前，钢铁与水泥行业处于利润较低甚至亏损阶段，无法承担较高的履约成本。排放密集型行业的经营状况发生了很大的逆转，导致企业碳成本承受能力发生变化，使得部分企业面临较大的困难。
其次，早期
减排行动未被考虑，导致“劣币驱逐良币”。在中央财经大学能源与金融研究中心组织的一次企业调研中，被调研的许多国有企业和外资企业，在“十一五”和“十二五”期间已经进行了较多的
节能改造活动，进一步减排的空间相对较小，成本较高。这些早期的贡献并未在配额分配方案中考虑，使其获得较少的配额。同时，一些环保类项目能耗较高，导致当前排放增加，与
碳减排政策产生了一定的冲突，也制造了一定的不公平性。
此外，企业检修、事故意外等突发情况未被考虑。大部分生产型企业每两三年进行一次大规模检修，检修时间为1~3个月不等。而如果采用历史法计算平均值时，若未将其剔除，使得配额分配过少。此外涉及能源安全的行业，如
石化等，会面临政府安排的计划外生产任务，使得企业面临额外的排放成本。
历史法虽然提高了监测报告核查体系（
MRV）的运行效率，降低了初始成本，但是带来了显著的公平
问题，极大增加了
市场运行成本。这些公平问题一方面是由于经济周期等外部客观因素造成的，另一方面则是因为MRV
方法学体系缺乏自我纠错机制，无法适应复杂的企业状况。不合理的分配结果贡献了市场上的部分交易量，个别企业甚至抱怨其交易活动完全是由于分配不合理造成的。
