早在20世纪80年代，我国已经认识到实施排污许可制度的必要性和重要性，将其确定为我国八项环境管理制度之一，并开始在地方推行。目前，我国已有20多个省（自治区/直辖市）不同程度地开展了排污许可证发放工作，相继发布排污许可相关的管理办法或规定，部分承担起了排污许可证管理的责任，约有30%进行排污申报的企业获颁了排污许可证，20多万家企业取得了排污许可证。

依然严峻的环境形势、人民对改善环境质量的强力期待，凸显出现有固定点源管理手段的乏力，需要从国家层面加快实施排污许可制度，发挥其在固定源排污行为过程控制方面的核心作用。在此背景下，完善建立排污许可制度先后被写入《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》、《关于加快推进生态文明建设的意见》、《生态文明体制改革总体方案》等一系列党和政府的重大决策中，《环境保护法》中将取得排污许可证确定为企事业单位排放污染物的先决条件。但在我国全面实施排污许可制度还需解决法律法规不健全、与环境质量不挂钩、与其他管理制度不衔接、管理规范和技术指南不完备等方面的问题。

(一) 排污许可制度没有处于环境监管的核心地位

尽管《环境保护法》、《水污染防治法》和新修订的《大气污染防治法》都对许可证作出明确规定，但是，这些规定基本上是原则性要求，缺乏对排污许可证申请、核发、执行及监管的具体要求，不具备可操作性。例如，法律规定“排污许可的具体办法和实施步骤由国务院规定”，但国家层面关于排污许可制度具体如何实施和管理的法规、办法和指南制定工作进展缓慢。2008年1月，《排污许可证管理条例》公开征求意见，但并未最终出台；2012年8月6日，国务院发布的《节能减排“十二五”规划》（国发[2012]40号）明确要求加快《排污许可证管理条例》的制定；2014年12月，《排污许可证管理暂行办法》公开征求意见。截至目前，国家层面仍未出台专门的排污许可证管理条例或者管理办法，地方工作缺乏统一规范和指导。

目前，已有20多个省（自治区/直辖市）专门针对排污许可制度制定了暂行办法或暂行规定。但是，各地的许可对象和许可内容不统一，在许可证发放的范围、种类和许可量的核定分配方法等方面各地并不一样，存在流于形式的情况。且在实际管理中，排污许可制度主要围绕落实总量控制指标开展，排放总量控制指标被作为确定排污许可证内容的依据，排污许可沦为落实总量控制指标的手段，处于从属地位。

(二) 排污许可制度与环境质量标准和环境容量缺乏衔接

目前，我排污许可与环境影响评价、排污收费及排污权交易等环境管理制度的关系不明确。地方排污许可证的核发多以总量控制指标作为主要约束，未与区域环境容量和功能区划有效衔接，即使各地根据下达的总量控制指标实施了减排项目，环境质量却没有明显改善。

此外，国家层面的污染物总量控制指标仅有化学需氧量、氨氮、二氧化硫和氮氧化物四项，对于重金属、有机污染物等没有提出控制要求，使得地方在以总量控制为约束指标核发排污许可证时控制指标过少，覆盖面太窄，影响了措施的有效性。因此，经过近30年的实践，排污许可证对点源污染的控制效果并不明显。

(三) 排污许可制度的实施缺乏统一的管理规范与技术指南

目前，我国排污许可证的核发没有统一的管理规范和技术指南。一是，实际排放量的确定方法在全国范围内还没有统一，一些企业还存在多套排放量的统计体系，一些企业没有按要求开展监测，这带来数据混淆和缺乏、监测结果权威性问题；二是，发证范围和种类五花八门，有很多固定源本来应该纳入排污许可的没有纳入进来，一些特殊污染物，如重金属和其他有毒有害物质也未覆盖；三是，未实施固定源（比如污水处理厂、工业源等）分类管理；四是，缺乏排污许可证污染排放量的核算技术指南，仅依靠总量控制目标和污染物排放标准进行约束，没有建立基于环境质量标准、区域环境功能和环境容量的核算和分配体系。

此外，排污许可证规定的内容过于简单，未对企业日常排污情况的监测、记录和报告提出要求，现有监测网络覆盖率低，未形成排污单位监测和报告机制。而管理部门建立的企业排污信息平台尚不能支持排污许可制度的开展，缺乏相应的监督核查手段和信息公开途径，使得排污许可证未能起到对企业的排污行为进行明确和针对性控制的作用，未发挥其应作为企业守法、政府执法和公众监督依据的作用。

(四) 排污许可制度违规处罚不统一，缺乏威慑力

现行《水污染防治法》中未设置条款对于违反许可证的企业或责任人进行处罚，只是在其配套的《水污染防治法实施细则》中规定“不按照排污许可证或者临时排污许可证的规定排放污染物的，由颁发许可证的环境保护部门责令限期改正，可以处5万元以下的罚款；情节严重的，并可以吊销排污许可证或者临时排污许可证”。2016年1月即将实施的《大气污染防治法》提高了对未依法取得排污许可证排放大气污染物行为的处罚力度，规定“由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭”，拒不改正的可按日连续处罚。显而易见，依据《水污染防治法》，不执行许可证的企业，五万元以下的经济处罚实在太轻；对于取得许可证，但并未履行监测、记录和报告责任的企业没有处罚；除经济处罚外，未根据违法行为造成后果的严重性，对于违法排污许可制度的行为设置行政和刑事处罚措施。

(五) 缺乏颁发及监督排污许可证的专门机构，能力不足

尽管“三定”方案和职责分工中，中央环境保护主管部门有“组织拟定并监督实施排污许可证”的职能，但没有设立专门管理许可证的机构，甚至未配备专门人员。各地环境保护机构执行排污许可制度的行政资源同样严重不足，已经在排污许可证方面开展实践的绝大多数地方，都没有设置专职人员负责排污许可证的申请、审核和管理工作，排污许可制度的执行多穿插在总量处或法规处的日常工作中进行，技术支持力量严重不足，许可证发放后难以做到有效监督。