基准线法是最理想的免费配额分配方法，但在基准值无法获取的情况下，有三种备选方案：热基准、燃料基准或过程排放。在热基准的应用中，主要依据热能的消耗量数据，热能的利用效率往往被忽视。在燃料基准的应用中，燃料消耗量占据主导，能源转化和热能利用效率被忽略。当过程排放作为计算基础时，免费排放配额的核定仅体现了历史排放情况。

EU ETS第三阶段的配额分配方法适用于整个阶段，但针对生产经营和排放设施发生重大变化的企业，允许对其配额进行调整。同时，配额分配方法也对新进入者配额分配做出了规定。分配方法部分由欧盟确定，部分由各国确定。

热基准法在实际中很难应用，主要原因在于相对于产品产量和燃料消耗量的测量和记录，热的测量和记录缺乏规范标准。在重工业，蒸汽供应系统被广泛应用，热消耗量的数据能够有效监测和记录，但热量监测对中小设施的操作意义不大。在实践过程中，热基准却经常被用于中小设施的配额分配。

分配规则难以实践，如“物理变化”在实践中难以进行判定，经常会出现过度报告或报告不准确的情况；条目不合常理，如起始时间多指设施变化发生的时间，但在实际过程中物理变化在X日发生，但其影响的产生是在X+Y日。细节要求过高，例如为确定变化的起始时间，活动水平的监测频率是以90天为周期按日计量。活动水平的确定意味着要对产量、热消耗量、燃料消耗量和排放进行测量，有时这些数据很难以日为单位获取。

分配规则的不合理导致企业报告提交延时或正确数据缺失，更正措施耗费额外的管理和执行成本。

欧盟层级的决策缺少透明度，决策时间较长，耽误落实进度。

配额分配对企业财务影响重大，规则过于复杂增加了管理成本。

适用欧盟委员会关于同意免费配额分配规则的决定（CIMs），政府与企业的成本与基准值的选取方法密切相关。食品行业就是适用产品基准线法的代表，特别是乳制品、糖和啤酒，陶瓷、纸制品和化学品这些已经采用基准线法核定的产品应深化对基准线的研究。产品可行的基准值是什么需要进一步研究。该措施极大降低企业管理成本，提升ETS稳定性。

适用CIMs，极大降低企业管理成本，不影响ETS稳定性，会在一定程度上增加政府运行成本。

适用EU ETS指令和CIMs，给予企业更大的自主权确定变化起始时间；缩小物理变化定义范围，明确其所指情况；完善现有关于热转化的规定；对相关产能利用因素采用固定值或简单公式计算；碳泄漏描述应限定在行业层面，不应细化至产品层面；简化校正系数使用方法。该措施能有效降低企业管理成本和政府运行成本，不影响ETS稳定性。

适用EU ETS指令，应明确对欧盟配额分配决策的时间做出限制，防止后续工作延期。该措施小幅降低企业管理成本，增加ETS稳定性，对政府管理成本无影响。