企业需要向NEA提交年度碳排放报告，欧盟依据MRR为排放报告设定了模板。在排放报告中，企业需要提交详细的排放源信息，不仅仅包括排放数据，还包括产量、热值、排放因子等，企业需要先将排放报告发送给核查机构，核查机构核查后将核查结论反馈给企业，企业再将经核查的排放报告和核查报告一同提交时NEA。报告中准确的排放数据是EU ETS的基本要求，也是配额清缴的基础。除提交经核查的排放报告外，企业还需要在登记系统报告年度排放情况，并上缴其相应的配额。在第一个排放年度，飞机生产商和运营商还需委托核查机构对登记的排放情况进行核查。

与排放无关的提交内容包括再次提交企业管理细节，再次提交企业变化说明，与排放计算无关的排放源信息（如排放因子、临时生物质排放因素）等。

登记程序过于复杂，特别是对于中小企业难度更大。由于欺诈事件，登记账户的创建和修改被严格管控，个人账户需要提交护照、身份证和犯罪记录才能进行相关操作。登记系统受到多种技术安全措施管控，复杂程度升级，但部分企业极少交易，每年不得不重新熟悉复杂的履约程序。

有关申请配额分配调整的截止日期是1月19日，3月31日提交经核查的排放报告，4月30日进行配清缴，时间安排过于紧凑，企业难以完成任务。

适用EU ETS指令，极大降低企业管理成本，小幅降低ETS稳定性，降低政府运行成本。

适用MRR，只把决定设施排放量的信息作为必填信息，轻微降低企业管理成本、ETS稳定性和政府运行成本。

适用EU ETS指令，建议推迟申请配额调整的时间至2月19日，4月30日提交经核查的排放报告，5月31日进行配额清缴。该措施小幅降低企业管理成本，提升ETS稳定性，对政府运行成本无影响。

适用EU ETS Registry Regulation，排放报告通过登记系统上传，核查机构通过登记系统获取排放报告并提交核查结果，核查过后登记系统会自动记录排放量。该措施小幅降低企业管理成本，提升ETS稳定性，政府运行成本取决于自动化程度。

适用EU ETS Registry Regulation，该措施大幅降低企业管理成本，提升ETS稳定性，政府运行成本取决于自动化程度。

适用政府实践层面，NEA可以提供包括排放量登记、排放核查和配额清缴的一系列服务，企业只需提交经核查的排放报告即可，这种情况下登记系统账户由NEA管理。另一种形式是NEA只负责配额清缴。不同形式对企业管理成本的降低幅度不同，但都会提升ETS稳定性。