第一，减排目标。第一阶段（2005-2007年）为试点阶段，检验欧盟碳排放权交易体系的制度设计，建立基础设施和碳排放交易平台。第二阶段（2008-2012年）为履约阶段，履行《京都议定书》8%的减排目标。第三阶段（2013-2020年），预计2020年欧盟碳排放量比2005年降低21%。

第二，排放许可上限。第一阶段（2005-2007年）的排放许可上限，由成员国提交国家分配方案，经欧盟委员会批准后确定配额总量。第二阶段（2008-2012年）的排放许可上限比第一阶段严格，也是由各成员国提交国家分配方案并经欧盟委员会批准后确定配额总量。第三阶段比前两阶段更严格，并每年下降1.74%，取消NAP，有欧盟确定总量。

第三，覆盖范围。第一阶段（2005-2007年）主要是二氧化碳气体，约有11000多个工业设施，包括发电厂、炼油厂、焦炉、钢铁厂、水泥厂、玻璃厂等。第二阶段（2008-2012年）主要也是二氧化碳气体。除第一阶段的行业外，2012年起，将航空部门纳入交易体系。第三阶段（2013-2020年）除二氧化碳外，二氧化氮等温室气体被纳入体系内，同时，行业范围继续扩大到化工、合成氨和炼铝等部门。

第四，交易机制。第一阶段（2005-2007年）的交易机制主要是碳交易、清洁能源发展机制。第二阶段（2008-2012年）的交易机制包括碳交易、清洁能源发展机制和联合履约机制。第三阶段（2013-2020年）的交易机制和第二阶段的交易机制相同。

第五，超标处罚机制。第一阶段（2005-2007年）的处罚机制为：如果超额排放，超额部分每标准吨二氧化碳将被处以40欧元的罚款。第二阶段（2008-2012年），如果超额排放，则超额排放部分每标准吨二氧化碳将被处以100欧元的罚款。相比第一阶段，第二阶段的处罚力度更大。