协议转让有两种实现方式，在几个试点碳市场中，北京和天津需要通过线下签订转让合同来完成协议转让交易，其它的试点则可以通过交易系统直接完成交易。下面以协议转让最多的北京和广东为例简要说明协议转让的流程。其它未举例的交易所具体流程细节与以下还有区别，在此不再赘述。

北京协议转让的交易环节包括转让申请、交易签约和结算。协议转让双方应当向交易所提交申请以及相关材料。交易所在收到申请5个工作日内确认是否受理申请；如决定受理，则进入交易签约和结算程序。在确认受理申请起5个工作日内，交易所组织交易双方签订碳排放配额转让协议。转让方和受让方应当在转让协议约定的期限内，完成碳排放配额和价款的转移和结算。完成结算3个工作日内，交易所出具碳排放权转让凭证。

广东的协议转让交易程序包括协议转让挂单、成交确认和审核完成交易。首先，出让方向广碳所申请协议转让挂单；其次，挂单后出让方在规定时间内征询意向受让方，在有意向受让方的情况下，出让方录入意向受让方信息、意向成交价格，经双方确认后，向交易系统发出成交指令，双方达成协议；最后，交易双方达成协议后，广碳所对协议内容进行审核，审核通过后，系统自动成交。交易完成后，交易系统自动生成的电子化合约是交易凭证，具有相应的法律效力。