虽然
CDM具有巨大的潜在经济效益，但 CDM 项目并非没有风险。CER 的交易是一种期货交易，且交易期限至2012年，不确定因素较多，风险也会随之而来。CDM 项目风险与项目类型、交易主体均有一定联系，在项目运作过程中的风险主要包括：
（一）注册风险
CDM项目必须要履行国内、国际两套审批程序，经过多个机构审批，审批程序复杂。影响CDM注册的因素主要包括：
1、CDM 的合格性不符合相关条件，如资金和/或技术的额外性不足，则存在CDM 项目不能取得政府批准函，项目在EB不能注册的风险；
2、CDM 规则的变化，如 PDD 版本和
方法学更新都可能对项目进度或者项目能否注册产生影响；
3、如果 CER 售价过低，在报国家发改委的时候也可能得不到批准。
由于 CDM 项目前期需要投入开发费用，且大多 CDM 项目只有投资后才能销售 CER 取得收益，因此 CDM 项目如果没有成功注册，项目业主投入越多则损失越大。
（二）项目建设、运营风险
项目建设、运营风险包括项目是否按期建成投产，由于项目设计不合理、监测不准确等原因而导致项目实际产生CER少于预期，或者其他原因导致项目 CER 逾期不能交付等风险。
2012年后《京都议定书》是否继续有效，国际 CDM 合作机制是否产生变化将直接影响 CDM
减排的有效期和带来的效益；其次，中国以及发达国家对 CDM 的态度和政策的改变都会影响CDM项目的执行。
中国作为发展中国家，目前不必履行《京都协议书》的减排规定，但在排放总量的硬约束下，中国的减排压力肯定越来越大，相关政策的变化将直接影响国内CDM项目的经济效益。
