为减少排放权贸易体系对加州经济产生负面影响，加州政府在体系设计中非常重视配额分配过程。加州ETS制定了三个阶段的配额分配方法。其中，第一阶段（2013—2014年）至少90%的配额免费分配给所有企业；第二阶段（2015—2017年），对高泄漏类（HighLeakage Category）企业免费分配所有配额，对中等泄漏类（Medium LeakageCategory）免费分配75%的配额，对低泄漏类（LowLeakage Category）免费分配50%的配额；第三阶段，对高泄漏类企业的分配不变，中等泄漏类和低泄漏类企业免费分配的比重分别下降至50%和30%。加州碳排放交易体系的配额分配过程下表所示。

表：加州碳排放交易体系配额分配过程