由于碳税和排放权交易都是基于市场的管制手段，其管制机理具有一定的类似性，若两者都被用于管制温室气体排放行为，很可能出现管制重合现象，因此有必要对两种制度的协调问题进行探讨。

在对该问题回答之前，需要对两个关键性问题进行说明：一是调控的主体范围。碳税具有普适性，不管是单位，还是个人，只要购买了化石燃料，都负有缴税义务。从国外碳税立法实践来看，碳税的调控范围较大，涉及到最为广泛的市场经济主体。比较而言，排放权交易的主体则较为单一。排放权交易的主体主要为企业，当然也包括一些政府及事业单位，但个人被排除之外。值得注意的是，那些参与排放权交易的企业，往往是一些温室气体排放量较大或能源消耗量较多的大型企业，中小企业往往被排除在外。例如，在欧盟排放权交易机制下，交易主体主要是火电厂、水泥厂、炼油厂、石灰厂等高耗能企业；在我国，参与排放权交易的企业也主要是石化、化工、建材、钢铁、有色、造纸、电力等行业的重点耗能企业。二是管制的温室气体范围。碳税为二氧化碳排放税的简称，其主要调控二氧化碳这种温室气体。与之相比，排放权交易所管制到的温室气体类型则较为广泛。欧盟的排放权交易机制已经管制到了二氧化碳和氧化亚氮等多种温室气体。[9]我国的试点，虽然大多数省市仅对二氧化碳进行规则，但也有个别省市将多种温室气体都纳入交易体系。

当我国同时适用碳税和排放权交易制度时，建议按照以下思路协调两者的关系：一是基本定位。在二氧化碳排放领域，所有的个人排放者都可以运用碳税加以管制。对于企业而言，需要区分情况，依据其年均能源消耗量或二氧化碳排放量进行划分，对于低于一定标准的企业，可以用碳税加以规制；高于该标准的企业，则可以用排放权交易制度加以管制。二是实施方式。碳税对于市场的成熟程度要求不高，只要设计好碳税的实体性要素和程序性要素，就可以适用碳税。而排放权交易涉及到配额分配、温室气体核算、排放监测、统计和审核等环节，不仅技术要求高，而且对交易市场的成熟度有要求，全面征收并非易事。目前，国家已经计划全面启动碳排放权交易市场，据估算纳入交易的企业数量在1万家左右。但在交易机制成熟之前，广大的中小企业还很难纳入交易体系，会出现管制真空问题，而这部分企业完全可以通过碳税进行管制。三是衔接方式。开征碳税后，使用化石能源并排放二氧化碳的企业和个人都应是纳税主体，同时应设定一个除外条款，即：纳入碳排放交易体系的企业免征碳税。当然，随着排放权交易市场的成熟，越来越多的企业会被纳入交易体系，对于进入碳排放权交易体系的企业，应当采取免征碳税的方式进行处理，避免出现管制竞合问题，减少企业不必要的负担。当然，为了降低制度设计对于企业的负面影响，可以给予企业一定的选择自由，除了重点耗能企业外，在某一个耗能区间段或二氧化碳排放范围内的企业，可以让其选择加入碳排放权交易体系，或是缴纳碳税。（作者系工业和信息化部国际经济技术合作中心全球能源资源环境研究所副所长）