初始配额分配采用有偿拍卖方式有利于树立企业的碳排放成本和资源有偿意识，并为市场提供价格信号。

广东和湖北采用拍卖方式进行少量初始配额有偿分配，上海和深圳曾在2014年履约截止期前拍卖部分预留配额以促进控排企业履约。截至2016年底，七试点配额拍卖总量为1824.4万t，拍卖总金额约为8.31亿元，其中广东在这两项中的占比分别高达88.5%和95%。广东和湖北初期采取政府定价方式，拍卖价格分别为60元/t和20元/t。广东实行常规化拍卖，已进行13次一级市场配额有偿发放，定价机制经历了完全由政府设定底价到完全与二级市场联动、并设定政策保留价的过程，而深圳和上海拍卖均以二级市场价格为基础制定拍卖底价。配额分配一级市场与二级市场价格形成联动，政府定价不断弱化，市场配置资源的作用不断得以发挥。