一种制度的好坏，我们主要从政策的有效性，减排成本的可知性，管理成本，政治上的可接受性，社会的公平性等几个方面来比较。

在有效性角度上，英国经济学家Pearce认为，通过征收碳税提高产碳产品价格，会使私人成本增加。经济主体会千方百计地寻求降低生产成本的方法，这从客观上促进绿色节能技术的产生，从而有效地减少二氧化碳的排放。当然，征税不可避免地会产生无谓损失，如果碳税采取专款专用的使用方法，即把所取的碳税收入作为企业提高生产技术的补贴，那么无谓损失大大将会减少。此外考虑到原来碳排放企业的生产外部性，碳税有利于价格信号正确地反应生产成本，促进市场资源的配置，提高经济效率。

同样，碳交易也具有相当好的效果。根据科斯定理，当各方能够无成本地讨价还价并对大家都有利时，无论产权是如何界定的，最终结果将是有效率的。因此，只要排放权初始的分配方式确定，则各企业通过市场交易，利用价格体系的机能，可以促使污染外部成本内部化，以达到最适当的二氧化碳排放水平。与碳税的税率由政府所制定不同，碳交易价格由市场决定，理论上，后者灵敏度更大，效率更高。

减排成本的可知性决定了经济主体的遵从成本。在成本可知或可预测时，经济主体就能够合理地安排其生产并优化其投资决策，反之，企业因为顾虑，会选择一些次优方案，从而加大整个经济运行的成本。一般认为，碳税是达到既定成本最小的减排政策工具。因为碳税具有固定性和法律性，企业可以根据碳税制度，依照自身情况选择最优的减排路径。而碳交易中排放价格由于市场原因，会有较大的波动性，这样会增加企业的遵从成本。而减少此波动性，只能依靠市场制度的完善和市场主体自身意识的提高，故碳交易的减排成本有较大的不确定性。

各国碳税的征收一般是依据各国税制自身的体系，比如可以利用消费税体系，在石化能源的产生环节，进口环节征收消费税。因此碳税实际就是增加消费税的税目，并调整相应税目的税率，碳税的管理成本较低。而对于碳排放交易来说，初始排放权的分配，由于各方利益的博弈，需要经过一个较长时期的谈判，且还需要建立相应的排放权交易市场以及建立参与企业能源使用的报告机制、监控机制与惩罚机制，这些都需要较大的额外管理成本。不过也正是因为碳市场的建立，产生了一个新的行业，增加了较多的就业岗位，创造出巨大的经济价值，结果管理成本与经济效益一起递增。从这个角度来看，管理成本的提高并不意味着有较大的劣势。

政治上的可接受性主要从两个方面加以考虑：第一，政策引起的分配效应是否损害了很多我们认为不能损害的那部分人的利益，比如低收入者；第二，是否会损害那些有较强政治谈判能力的人的利益。在分析政治上可接受性时我们有必要将政策区分为两种类型，一种是推动型政策，比如税收、行政指令标准等；另一种时拉动型政策，比如一般很受欢迎的财政补贴。拉动型政策是非常受欢迎的，在实施的过程中往往受到的阻力较少，推动型政策往往要受到各方面的阻碍。

碳税本身的累退性是推行实施阻力大的原因之一。此外，在不同类型企业之间的分配方面，税负主要集中在能源密集型企业。由于碳税相比无偿配给的排放权交易制度和行政指令标准，多了一块可利用的碳税收入，碳税制度可以通过其收入的运用来增加其政治上的可行性，可以用碳税收入来弥补对低收入者的负面影响。也可以通过补贴，促进企业、居民进行减排投资和减排技术的改进等等。而对于碳交易制度，则要分两方面讨论。如果采用初始排放权免费配给制度，则往往会得到企业的支持，而这些企业往往是强势的主体，在政治上具有较强的可行性。不过这从公平性上是站不住脚的，因为它把有价值的排放权免费的交给企业，等于将全社会的收入免费送给了这些排放大户。如果采用拍卖的方式获得初始排放权，这相当于提高了企业的生产成本（实际上是私人成本向社会成本靠拢），则企业的支持度或者说政治上的可行性就不会这么高了。

从公平性角度看，税收是优选的政策。如果采用初始排放权免费配给制度，像上文所述，它相当于将全社会的收入免费送给这些排放企业，这不可避免地会产生寻租的问题。这样一方面有关系的企业往往会先得到配额，而没有关系的企业则要加大公关投入，会加重企业的额外负担，造成企业之间竞争的不公平。另一方面，这会强化政府在市场有效运行领域的行政干预，不利于经济市场化改革完善，且容易滋生腐败，与现在提倡建立廉洁高效的政府不符。

如果采用拍卖等方式将排放权卖给企业，这样操作就有较大的公开透明性，即起码在操作层面上能够保证公平。由于产品在市场上流通，购买产品的人都会承担部分成本，确保中高收入者的公平性。这样会损害低收入者的公平性，故可将拍卖排放权所取得的收入以福利的形式分给低收入者。如果采用碳税，则与初始排放权拍卖的排放权交易制度类似，但是碳税本身被认为累退性比较大，故公平性不及前者。