碳排放交易以双边形式进行，亦称“场外交易（OTC）”，即实体未必清楚谁是交易对方。在场外交易情况下，由于单次交易无需将金融工具标准化，因此企业可设计满足其风险对冲需求的合约。然而，场外交易可能存在一定的“交易对象风险”，即对方可能存在谎报或毁约情况。在此情况下，可通过第三方对交易进行“清算”降低相关风险。清算普遍用于交易所内更加标准化的金融工具交易。清算意味着第三方成为交易双方的对方，而作为独立第三方，其可确保交易双方所述内容的真实性。

由于场外交易通常以双边形式进行，因此难以掌握其发生的频率与时间，这令市场监管工作更加复杂。通过交易所进行的交易会公布价格与交易量，而且通常有头寸总量与保证金要求，交易方还须具有特定会员身份，因此市场监管工作容易开展。除了限制交易物（场外交易或场内交易），市场监管条例可能还会要求交易方具备一定的报告与披露水平，而且全部交易均需经过清算所进行清算，同时要求交易方具备相关交易资质并/或遵守一定的头寸总量。从当前欧洲的政策提案中可预见未来将加大对场外交易的监管力度。