配额的初始分配是碳市场的核心要件，从国际市场和国内试点经验看，也是决定市场运行平稳性、有效性，以及减排效果的关键要素。日召开的国家发改委改革专题会议上，发改委副主任刘鹤同志即提出要“继续扎实推进碳排放权交易”，同时特别强调要“进一步细化碳排放权配额分配的具体方法和程序”。按照全国碳市场建设工作的总体安排，要在年启动全国碳市场，就需要在今年完成配额分配方案的设计，这也是年我国碳市场建设从试点走向全国过程中最为关键的任务之一。

此外，对于配额的使用限制，包括跨期储存与结转相关规定也是碳市场交易规则中的重要内容。而在试点向全国市场过渡的过程中，试点市场配额能否在全国市场启动后继续使用，也是目前讨论的焦点。

围绕配额分配方式的争论，焦点围绕着“一致性”、“差异性”与“灵活性”三个关键词展开：

强调“一致性”的观点指出，要明确区域发展的补贴意义和碳市场功能之间的本质区别，不能把“共同但有区别的责任”原则用在碳市场，而是要保证在配额分配上采取全国统一标准，从而保障全国碳市场的公平性、一致性和稳定性[9]；

强调“差异性”的观点则认为，我国地区增长路径具有较大的差异，对于部分经济发展和节能减排压力都较大的地区而言，高能耗、高排放企业往往对经济和财政的贡献都不小，因此在配额分配过程中需要适当考虑，避免短时间内增加较大的成本负担。事实上在部分试点地区已经采取了“差异化”的配额分配方式，例如广东碳市场再分配预留配额时，向发展任务较重的粤西北地区倾斜。而在日国家发改委改革专题会上，刘鹤也指出碳配额分配方法要“考虑公平和效率、区域发展差异等问题”；

强调“灵活性”的观点则指出，除了上述两方面因素，由于我国经济增长较快、产业结构变化较多，大部分地区仍处在工业化转型的过程中，因此需要预留相当比例的配额以应对经济形势和政策目标的调整。

综合上述观点， 我国碳市场实质上形成了相对折中的分配体系，遵循“统一行业分配标准”、“差异地区配额总量”、“预留配额柔性调整”这三项主要原则。 按照《暂行办法》的规定，由国家发改委根据各地区温室气体排放、经济增长、产业结构、能源结构、控排企业纳入情况等因素确定地区配额总量，并预留部分配额用于有偿分配、市场调节和重大项目建设。地方配额在初期以免费分配为主，适时引入有偿分配，并逐步提高比例。其中免费分配的标准和方法由国家发改委参考相关行业主管部门的意见统一确定。地方配额总量与免费分配配额之间的轧差，可由地方政府用于有偿分配，有偿分配的具体方式由地方确定。

从字面上看，由于国家在进行地区配额总量分配的过程中已经适当考虑了地区差异，因而在免费配额的分配标准设置上不再考虑地方偏向性，而是按照统一的行业标准确定。由于配额分配标准由国家确定，地方层面只能遵照执行，或者从严执行，可见地方对配额分配没有自主权。这样设置无疑是旨在兼顾地区差异和市场公平：在配额总量分配时考虑地区差异，而在免费分配时严守统一标准从而保障市场公平性。但值得注意的是，理论上这样的分配方式并不一定能够保证不同地区的企业在交易过程中的公平性。按照规定，地方配额总量扣除免费分配后的部分，可由地方政府通过拍卖或固定价格出售的方式进行有偿分配，有偿分配的方式和标准由地方确定。因此配额总量分配的地区偏向性便会导致各地区配额有偿分配成本的差异。此外，由于地方在免费配额分配过程中，可以执行比国家标准更严的标准，其结果是降低免费配额分配比例，提高有偿分配比例。因此可能出现各地区在免费分配部分“从严”，而在免费分配部分“竞次（ Race to the Bottom ）”，即压低有偿分配的价格，间接地提升本地企业在碳市场的竞争优势。实证研究表明,在碳市场上，如果采取偏向性的配额总量分配方式，则会导致中西部地区不当的竞争优势，长期会使高耗能产业向中西部集聚，形成“污染天堂”效应，反而不利于地区协调发展[10]。因此有必要对有偿分配的方式和标准进行限制，统一采取拍卖进行有偿分配，同时要求各地配额拍卖向外地企业开放的方式，能够统一不同地区企业获得配额的实际成本。此时配额总量分配的地区偏向性仅仅会影响到各地方政府拍卖收入，而不会对市场公平性造成影响。地方政府的拍卖收入可以用于支持低碳技术、产业的发展，或用于低碳基础设施投资，从而兼顾地区差异。