在碳
市场建设的
政策设计中，一个核心环节是配额分配。
事实上，在中国的
碳市场模式中，最关键的
问题不是过度发放的免费配额，而是配额的分配方式。
与世界各地的
碳排放交易机制横向比较可以发现，在碳市场建设初期，碳
减排配额大多以免费发放为主，但确定企业免费配额的基础有所不同。
同济大学环境科学与工程学院廖振良指出，碳排放交易机制的一个重要特点，就是通过设定上限来控制温室气体排放的总量。如果设定的总量限额大于排放设施在原有生产情况下的排放总量，就会导致碳市场供大于求，无法达到碳排放交易机制预期的减排目标。
一般而言，一个碳排放交易机制应该设定较为明确的绝对排放量上限，以达到较好的排放控制效果。但是，在中国，一方面关于碳排放的数据基础较差，而排放总量的设定需要依赖全面的碳排放量基础信息，并通过严密的科学测算来确定；另一方面中国还处在经济快速发展时期，未来一段时间内碳排放量还会持续增长，并且存在较大的不确定性。
因此，廖振良表示，大部分国内试点地区在碳排放交易制度设计的时候，都有意或无意地回避了排放总量上限这一关键性问题。在公布的相关政策文件中，各试点地区并未对总量控制目标做出明确设定。唯一的锚点只有国家“十二五”规划中对各省区市碳排放强度下降的目标限定。
由于缺乏“总量控制”这一硬约束，试点地区在配额分配时就具有较大的空间。
具体而言，中国的配额分配模式，由预分配和事后调整两个步骤组成。政府在履约期开始时先以企业上一年产量为基准，给企业发放一定比例的预配额，在履约期结束后，政府会根据企业当年的实际产量二次发放配额，多退少补，以完成上一周期的配额发放工作。
而在欧盟、美国等世界其他国家或地区的碳排放交易机制中，只在履约期初发放一次配额，且有明确的绝对总量上限。
两种模式的核心差异在于，是否在履约期结束后，根据产量调整配额。
事实上，在中国的7个试点地区，并非全部采取“事后调整”模式，根据不同行业的特性，各有不同。比如多数地区的
电力行业是“事后调整”，部分制造业则有绝对的“总量上限”。
两种模式下的碳市场运行路径有很大差异。朱俊明告诉《中国新闻周刊》，如果可以依据最终产量来多拿配额，就类似于补贴政策，企业的减排成本就会降低，但最终会使效率受损。
他们的研究发现，有绝对总量上限的模式可以激励创新，而“事后调整”模式则对创新缺乏影响。
朱俊明指出，两种模式都有其各自的利弊。“事后调整”模式是希望在推行政策的同时减少企业的负担，让其逐渐适应。另一种模式则希望用一个政策解决一个问题，先用总量控制来解决碳排放问题，再用其他经济政策解决企业发展的困境。这背后，是两种政策设计理念的碰撞。
薛澜对《中国新闻周刊》表示，从公共政策制定的角度而言，中国和其他国家最大的一个差别，是中国各地的经济情形和发展阶段都差异巨大。
“因此，中央在制定很多政策时，必须要给地方留足空间，但如果政策表述上太过原则，执行起来就很困难。”他说，“这是由中国特殊的国情所决定的，是一个两难。”
