在此次联合国气候变化大会上，与会各国的重要分歧之一就是如何援助和激励那些需要为气候治理付出较大成本的国家。一方面这些国家需要在经济发展和节能减排之间寻求成本-收益平衡，另一方面又不能使这些国家在宽松的政策环境下丧失为气候治理做贡献的雄心。与此相对应的是，“绿色协议”在成员国层面也遇到了同样的问题。

由于欧盟各成员国在能源结构、政策理念和治理能力方面存在差异，当下并非所有国家都有意愿、有能力将“绿色协议”内化到各自的发展中。在12月12-13日欧盟峰会上，东欧国家捷克、波兰和匈牙利就对“绿色协议”唱起反调。波兰是欧盟成员国中煤炭消耗比例较高（77%）的国家，因而“脱煤”之路会格外艰辛。波兰总理莫拉维茨基（Mateusz Morawiecki）认为，各成员国应以各自的节奏实现气候治理，且欧盟应通过进一步财政转移补偿波兰的能源转型成本。在一番讨价还价后，波兰最终依然决定保持例外，将“碳中和”的目标推迟到2070年实现。

其次，欧盟内部各成员对于何种能源可以取代煤炭作为清洁能源有不同设想。捷克总理巴比什（Andrej Babiš）表示，“没有核能，捷克将无法完成减排目标”。在削减煤炭消耗的情况下，捷克计划到2040年将核能在能源供给中的比例提高到一半左右。但是，已经弃核的德国和奥地利反对通过使用核能的方式达到气候目标。最终欧洲理事会不得不做出妥协，在峰会的声明中表示，允许部分国家在能源结构中使用核能。

有鉴于此，“绿色协议”引入“公正转型机制”（Just Transition Mechanism）来补偿需付出较大的地区和部门，防止掉队情况的出现。但是，在英国脱欧的背景下欧盟的财政预算将面临巨大缺口。而在气候治理方面的补助数额究竟应是多少、标准应如何制定才能兼顾效率与公平呢？补偿机制又是否能真正对成员国起到激励作用？这一系列问题反映出，在差异一体化条件下欧盟顶层制度设计在落实过程中难以一以贯之。