多位业内人士同时指出，在积累经验的同时，试点与全国市场也有很多区别。而且作为发展中国家，我国的碳排放在一定程度上还会继续增长，碳市场建设将是一个非常复杂的系统工程。

李瑾表示，受体量限制，试点的配额总量有限。由于涉及行业种类多，各行业减排成本各异，不同地区、不同交易主体之间差异较大。在不同交易规则下，各地还形成不同的交易模式。未来，全国碳市场的配额总量较大，需要形成统一管理和调配。“如何形成有效的价格传导机制，如何真正反映减排成本、激发减排潜力等，都值得思考。”

李瑾还称，试点期间，部分行业引入线上和线下交易相结合的方式。其中，线上多为小额交易，相对公开透明；占比较大的线下交易，却仍以不公开的协议转让模式为主。“在碳市场发展初期、流动性不足的情况下，协议转让可为企业大规模购买配额提供渠道。但同时，由于市场信息不够公开透明，也造成不同主体之间的信息壁垒。信息获取往往来自行业、企业的自行调研判断，对市场交易模型及策略影响较大。”

对此，清华大学中国碳市场研究中心主任段茂盛称，在评估试点效果时发现，不是所有地区都公开减排信息，还有些只是数据简单相加、存在缺陷。“例如，有人将试点运行前后的减排量直接对比，这是不科学的。除了碳交易，各地还在推行节能、去产能等其他措施，如何判断排放强度的下降全部归因于碳市场？由于数据不明，很难进一步展开研究。未来在全国市场中，加大减排信息的公开力度至关重要。”