由于碳市场总量需通过一定比例分配给企业，市场交易规则将很大程度上决定碳交易权落地后，企业端的接受程度和最终执行效果。此次《管理办法》改变《暂行办法》中提出的“预留一定数量用于有偿分配”的方式，明确排放配额分配初期以免费分配为主，适时引入有偿分配，并逐步提高有偿分配的比例。有偿分配收入实行收支两条线并纳入财政管理。

“在碳排放权配额分配中，一个配额相当于一吨二氧化碳当量。国家对所分配的碳排放总量在每个排放主体间的分配被称为碳排放权初始分配，一般可被分为无偿、配额分配以及二者混合的定价分配。”深圳大学邓红梅、严良曾撰文指出，我国可借鉴欧盟经验，其在国家履约期首阶段采用无偿分配，企业无需支付费用并可通过交易获得碳资产，后期再逐步提高拍卖分配的碳配额占比。

2011年，我国在7省市开展碳排放权交易试点，分别包括北京、天津、上海、重庆、广东、湖北和深圳。虽然京津等试点地区碳排放配额免费发放，但广东已于今年4月竞价发放2019年度第一次碳排放配额，有偿配额总量为40万吨，政策保留价为25.84元/吨。

不过，厦门大学中国能源政策研究院院长林伯强表示，鉴于《管理办法》在全国是统一适用的，所以落地后广东应该会回归到免费配额的状态。总体而言，也是借鉴了西方探索的部分路径。

然而，并非所有企业均可获得免费额度，并被列入全国碳排放交易市场管理。此次《管理办法》明确，将符合要求的地方碳市场管理的重点排放单位纳入全国碳排放权交易市场。其中，重点排放单位为全国碳排放权交易市场覆盖行业内年度温室气体排放量达到 2.6万吨二氧化碳当量及以上的企业或者其他经济组织；对排放额度较小的非重点单位将不被纳入全国碳排放权交易市场管理。