航运业一直反对将航运业纳入欧盟碳排放交易体系，但是在最近几个月，越来越多的航运公司，行业组织和咨询机构承认，此事已经彻底敲定，无法挽回。

不过ECSA依然反对欧盟委员会这项决策。它在一份文件中表示，“将航运业纳入欧盟太排放交易体系会削弱IMO的话语权，还可能引发政治纠纷和贸易争端。”除此之外，ECSA还认为，将航运业纳入欧盟碳排放交易体系实际上只对那些小型航运公司真正起到限制排放的作用，这一决策也并不能从根本上促进航运业的能源转换。而且这一制度一旦实行，欧洲的航运公司的竞争力可能会下降。