《碳排放权交易管理办法（试行）》规定，碳排放配额分配以免费分配为主，可以根据国家有关要求适时引入有偿分配。这种分配机制类似于建设用地使用权的划拨（无偿）与出让（有偿）。因此，就企业初始取得碳排放权（配额）阶段根据分配方式存在不同涉税处理。

（一）通过政府免费分配无偿取得

从会计角度而言，资产是指由企业过去的交易或者事项形成的、由企业拥有或者控制的、预期会给企业带来经济利益的资源，并且，与该资源有关的经济利益很可能流入企业，该资源的成本或者价值能够可靠地计量。

对于初始阶段，企业取得政府免费分配的碳排放权（配额），其能否给企业带来很可能流入企业的预期经济利益是不确定的。《碳排放权交易管理办法（试行）》第十四条规定：生态环境部根据国家温室气体排放控制要求，综合考虑经济增长、产业结构调整、能源结构优化、大气污染物排放协同控制等因素，制定碳排放配额总量确定与分配方案。省级生态环境主管部门应当根据生态环境部制定的碳排放配额总量确定与分配方案，向本行政区域内的重点排放单位分配规定年度的碳排放配额。从碳排放权（配额）的初始分配原则来看，企业获得的碳排放权（配额）通常应小于、等于其预计排放量，倒逼企业节能减排。因此，对于政府免费分配无偿取得碳排放权（配额），财政部《碳排放权交易有关会计处理暂行规定》明确，企业不作相应的账务处理。也正是由于通过政府免费分配无偿取得的情况下，企业未获取经济利益，因此此阶段税会处理一致，不涉及企业所得税。

值得注意的是，通过政府免费分配无偿取得碳排放权（配额）不属于企业所得，自然不涉及企业所得税，这与《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》（国家税务总局公告2014年第29号）并不矛盾。

2014年第29号公告第一条“企业接收政府划入资产的企业所得税处理”规定：

（一）县级以上人民政府将国有资产明确以股权投资方式投入企业，企业应作为国家资本金（包括资本公积）处理。该项资产如为非货币性资产，应按政府确定的接收价值确定计税基础。

（二）县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按《财政部国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税〔2011〕70号）规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。其中，该项资产属于非货币性资产的，应按政府确定的接收价值计算不征税收入。

县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，属于上述（一）、（二）项以外情形的，应按政府确定的接收价值计入当期收入总额计算缴纳企业所得税。政府没有确定接收价值的，按资产的公允价值计算确定应税收入。

前已述及，政府免费分配碳排放权（配额）在初始阶段不是企业的一项“资产”，因此不适用2014年第29号公告“按资产的公允价值计算确定应税收入”的处理方式。

（二）通过向政府购买有偿取得

尽管“有偿分配”这一初始取得方式目前并无规定，但一些问题的苗头已经出现。例如，取得政府有偿出售碳排放权（配额）的，企业以何种凭证作为税前扣除凭证？支付的款项是否含增值税？若取得后再出售的，如何进行进项抵扣？若取得后全部使用的，在企业发生应税行为后如何抵扣？

尽管现行税收政策未予明确，但是可以从企业取得土地所有权进行开发建设或转让土地所有权的涉税政策中进行参考、借鉴。

《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，转让2016年5月1日后取得的土地使用权应当按照销售无形资产-自然资源使用权（土地使用权）缴纳增值税，税率为11%（2019年4月1日起为9%），以取得的全部价款和价外费用为销售额，不能从计税销售额中抵减土地价款。

《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。

可以推测，政府有偿分配碳排放权（配额）的，会颁发相关权利凭证，但不会开具增值税发票，且收取的价款中不含增值税。因此企业在初始阶段有偿取得政府碳排放权（配额）后再转让的，应以取得的全部价款和价外费用为销售额开具6%（2019年4月1日起）增值税专用发票，无进项抵扣。企业取得后全部使用的，以政府部门颁发的相关权利凭证、支付款项凭证为企业所得税扣除依据，在碳排放权（配额）清缴后企业申报增值税时，将取得碳排放权（配额）的价款从当期应税销售额中扣除。