应用范围有限。连续监测方法主要适用于固定装置及单一排放口。在全国碳排放权交易体系覆盖的八大行业中，化工、石化行业生产工艺流程复杂排放口多，如果要测算企业法人边界的排放量，需要安装多套连续监测装置，操作可行性较差。此外，有色金属和造纸行业的直接排放量较小，不太适合采用连续监测方法。最后，电力和热力消耗导致的间接排放量只能采用核算方法进行量化，这意味着在所有行业中，为了量化企业层面的排放量，即使直接排放量可用连续监测方法确定，间接排放量仍需采用核算的方法得出。

数据质量有待提升。监测的排放量的数据质量是一个重要问题，其中影响最大的参数是CO2浓度和烟气流速。CO2浓度的数据质量不确定度较低，然而烟气流速的数据质量不确定度较高。此外，理论上采用基于连续监测的方法和基于核算的方法应具有可比的数据质量，然而一些研究结果表明实际情况并非如此。

相关成本较高。据国内少数安装CEMS监测温室气体排放量的电厂介绍，质量较高的CO2浓度测量设备及烟气流速测量设备总采购成本在7.14~24.28万美元之间。如果考虑到年运营成本，CEMS的使用成本将更高。与此相反，我国核算方法额外成本相对较低。以电力行业为例，即使企业根据指南要求每月测量燃煤的元素碳含量，每年的额外成本也仅为430美元，远低于基于连续监测方法的费用。

需建立一系列支撑体系。借鉴欧盟ETS及美国EPA经验，如果连续监测方法即将在我国ETS中应用，则需要建立一系列的支撑体系，如监测和报告方法、核查和认证体系等。虽然在我国污染物控制体系下发布了多个与CEMS相关的技术指南和管理规范，但都不涉及CO2排放量的测量。此外，这些指南均以相对准确度为指标对数据质量进行量化，不能确定参数和总排放量的绝对不确定度。

一致性问题尚待解决。由于碳市场与污染物防控体系的目标不同，这两个体系对数据质量的要求也不同。传统的污染物防控体系监测到的烟气流速、温度、压力等参数，如果没有进一步的数据质量分析，将不能直接用于碳市场。另一方面，我国已根据核算方法确定了历史排放数据及电力行业配额分配基准值，该基准值将在全国碳市场的第一阶段使用。如果要在全国碳市场中应用连续监测的方法，则需要解决一系列问题，例如如何确定基准值？基准值能否采用核算方法下的历史排放量来确定？是否只能用连续监测的方法还是两种方法都可以使用？对于数据质量，连续监测方法下量化的温室气体排放量是否应与核算的方法进行验证还是与燃料消耗量进行验证？