CBAM的设计十分复杂，涉及不同的要素，而这些要素的具体设计选择需要在避免碳泄漏这一环境有效性目标和法律、政治、行政等层面的可行性之间进行权衡。在世界贸易组织（WTO）的法律框架下，CBAM必须遵守《关税及贸易总协定》（GATT）中规定的两项“非歧视”原则，此外还需综合考虑贸易伙伴的政治接受度及实施的行政成本等。CBAM的设计要素主要包括政策工具、覆盖范围、进口产品的含碳量计算方法等方面。

欧盟实施CBAM可以依托多种政策工具，如消费税、进口关税、扩展EU ETS至进口商等。根据相关公开信息，欧盟CBAM很可能以“名义碳市场”的形式实施，即为进口商单独建立虚拟配额池，其价格与EU ETS下的配额价格相对应，并要求进口商根据其对欧贸易产品的含碳量从中购买并缴纳相应配额。

就覆盖的贸易流来说，CBAM可以仅覆盖进口商品、也可全面覆盖进口及出口贸易流。全面覆盖进出口的CBAM可以保护国内生产商在境内和境外市场中的竞争力，其环境有效性高，但针对出口产品的退税/豁免措施存在违反WTO下《补贴与反补贴措施协议》的风险，削弱了CBAM与WTO法律的兼容性且可能遭到贸易伙伴的反对，因此欧盟CBAM很可能仅覆盖进口贸易流。但是，在此情景下，欧盟将面临其工业界要求保护其竞争力的强烈诉求，很有可能在CBAM实施初期继续保留免费配额分配，但这一选择也面临与WTO法律的兼容性问题（详见本节最后一段）。

排放范围方面，可能的设计选择包括范围1（直接排放）、范围2（间接排放，即外购的电力或热力生产中的排放）和范围3（其他间接排放，如购买材料和运输相关活动产生的排放）。由于不同地区的电力排放强度存在显著差异，而且存在向下游价格传导的极大可能，为保障环境有效性，欧盟CBAM可能覆盖进口产品生产中的直接排放和电力间接排放。但考虑到欧盟电力批发市场的定价方式以及欧盟仍在实施的间接成本补偿措施，目前欧盟工业生产者所承担的间接排放成本无法反映其实际的间接排放，这为与间接排放相关的核算带来了诸多挑战。尽管欧盟并未排除覆盖范围3排放的可能性，但这会带来具体执行上的极大困难。

部门范围方面，欧盟CBAM可以选择从有限的部门开始，或者覆盖更加广阔的部门（欧盟的碳泄漏清单中有六十多个部门和子部门）。考虑到执行的可行性和管理成本，欧盟CBAM可能首先仅覆盖钢铁、水泥、化肥等碳泄漏风险高、价值链相对简单、直接排放占比高的部门。由于跨境交易逐渐增加且不同区域排放强度差异巨大，电力部门也很可能在欧盟CBAM覆盖部门之列。铝也属于高碳泄漏风险部门但以间接排放为主，如果欧盟CBAM覆盖电力间接排放，则铝也很有可能被优先纳入。

计算进口产品含碳量的方法是另一个重要的设计要素，可能的选项包括使用经核证的设施层面的排放数据，或者设定排放强度基准值。尽管前者更加精准并具有环境有效性，但要求外国生产商提供实际的生产排放数据会带来较重的行政负担，因此更有可能的选择是基于欧盟生产者的排放强度（如欧盟的行业平均排放或者最好/最差排放者的平均水平）或全球的行业平均排放强度为特定产品设立统一的排放强度基准值。与此同时，为更好地激励减排，欧盟还可能允许进口商提供经核证的数据，证明其排放低于基准值，从而减少其所需要付出的边境调节费用。

为了避免“双重征税”，CBAM在边境价格调整中还需考虑外国生产商已经承担的碳排放成本，但如何确定这些成本以及应考虑哪些政策需要明确，且争议巨大。仅考虑其它国家实施的碳定价政策最为简单直接且行政成本最低，但对未实施碳定价政策的国家或地区而言或有失公平；考虑其它国家实施的显性及隐性碳价政策（如可再生能源发展规划等），可使欧盟CBAM具有更高的国际政治接受度，但也会显著增加欧盟的行政成本并带来量化评估方面的巨大挑战。此外，即使仅考虑碳定价政策，也涉及如何考量免费分配和豁免机制以及不同的碳价水平等问题。

尽管CBAM被视为现有碳泄漏保护措施的替代方案，但鉴于欧盟境内工业界的强烈反对，欧盟很可能继续保留其免费配额分配和间接成本补偿措施，这带来了为欧盟生产商提供双重保护的风险。为了遵守WTO规则，欧盟可能根据仍在实施的免费配额分配和间接成本补偿措施对进口产品的含碳量计算公式进行相应调整。