《条例》是1994年实施的《深圳经济特区环境保护条例》的“升级版”。与传统环保立法主要围绕“水、大气、土壤”三大领域污染防治进行规定不同，此次《条例》结合“双区”建设需要，新增了生态修复、生物多样性保护等制度设计，对生态环保立法进行了重构。

近年来，深圳市先后制定出台了一系列有关大气、水、土壤污染防治的行动计划，取得显著成效。为巩固污染防治攻坚战的成果，《条例》授权市政府制定严于国家标准的生态环境保护强制性地方标准。同时，创新环境影响评价制度以及生态修复机制。生态修复以自然恢复为主，人工修复为辅，有关部门应制定、完善生态修复标准，并对实施生态修复的重点区域、流域开展生态修复成效评估。

生物多样性是维持生态平衡的基础，《条例》就此作出一系列创新规定。要求有关部门编制生物多样性保护行动计划，明确重点保护范围和保护区域；加强对野生生物天然集中分布区、野生动物迁徙洄游通道的保护，对生态功能严重退化的栖息地、破碎化的典型生态系统开展生物多样性保护与生态修复；建立和完善野生动植物就地和迁地保护机制，建设种质资源库、动物细胞库等离体保存设施等。