碳排放权注册登记簿系统，或者称之为碳排放配额账户管理系统，是碳交易体系的“心脏”，与股权簿记系统相似，主要是记载并确认碳排放配额持有人对配额的所有权及其相关权益的产生、变更、消灭的法律凭证。合理设计登记管理制度是交易顺利进行的重要保障，也是政府掌握排放权及其变化情况的基本途径。应当区分碳排放权初始登记、变更登记、注销登记的不同情形和程序，按照碳排放管控单位与普通投资者等不同市场主体分别进行登记管理，并严格限制注册登记簿系统的使用管理权限，确保配额持有人的合法权益。此外，还应该研究通过法律授权等方式，使碳交易主管部门能够在紧急情况下采取冻结账户等措施，确保市场交易安全。
