目前，碳市场的运行机制有两种形式。基于配额的交易是在有关机构控制和约束下，有减排指标的国家、企业或组织即包括在该市场中。管理者在总量管制与配额交易制度下，向参与者制定、分配排放配额，通过市场化的交易手段将环境绩效和灵活性结合起来，使得参与者以尽可能低的成本达到遵约要求。基于项目的交易是通过项目的合作，买方向卖方提供资金支持，获得温室气体减排额度。由于发达国家的企业在本国减排花费的成本很高，而发展中国家平均减排成本低，因此发达国家提供资金、技术及设备帮助发展中国家或经济转型国家的企业减排，产生的减排额度必须卖给帮助者，这些额度还可以在市场上进一步交易。