税率是应纳税额与课税对象之间的比例，是计算税额的尺度，代表课税的深度，关系着国家收入多少和纳税人的负担程度，是体现税收政策的中心环节。根据我国现行税收法律制度，目前税率大致可分为比例税率、定额税率、累进比例税率是对同一计税依据，不论数额大小，只规定统一的法定比例。比例税率有可以分为统一比例税率和差别比例税率两类。定额税率是税率的一种特殊形式，是按照征税对象的计量单位规定固定税额，所以又称为固定税额，一般适用于从量计征的税种。税率三种，鉴于环保税的自身特点及征管上的简化便利原则，采用相对简单的定额税率较适宜。环保税税率高低的确定，涉及诸多复杂因素。

       根据庇古理论，理想状态的环保税税率应该等于由于减少一个单位污染而增加的边际社会效益所需的边际社会费用。然而事实上，上述社会边际费用的确定需要一系列详细信息，并涉及不同利益集团的利益，因而社会边际费用根本无法准确计算，上述理想状态的税率也根本无法获得。比较合理的环保税税率，只能是根据税收弹性原则，通过对税率的不断调整来得到。比较切实可行的方案是通过考察现行税率对污染削减的程度的影响作为税率调整依据，如果污染削减程度尚未达到目标治理水平，就应提高环保税税率;如果污染削减程度已经达到或超过了目标治理水平，就可降低环保税税率。

       同时，由于我国幅员辽阔，各地区环境差异很大，为了体现税收政策的灵活性，兼不同地区的自然资源、生产水平和盈利水平的差别，应根据各地区经济发展的不同情况分别制定的不同税额，应实行差别税率，根据各地气候条件、人口密度以及对环境清洁的需求程度确定具体的。

       此外，设计环保税税率应充分考虑税负对产业发展的影响，税负太低难以使外部成本有效的内在化，从而难以激励企业的污染防范与治理行为，税负太高则有悖于税收中性原则，抑制产业发展。因此应结合不同产业的实际情况，建立产业差别税率，将课税对象划分为若干个类别和等级，对各类各级由低到高规定相应的税额，等级高的税额高，等级低的税额低，以尽可能减少产业冲击，促进市场经济发展。