从政策效果来讲，碳税和碳交易各有优势。碳交易是一种激励手段，管理当局设定一个排放总量控制目标后将排放权以配额的方式发放给各企业，由于不同企业的二氧化碳减排成本各异，因而可以通过交易获得成本效率——减排成本相对较低的设施超量完成目标，然后把多出来的配额出售赚取利润，而减排成本相对较高的厂商通过交易购买配额也可以降低自行达标的成本，最终结果是实现了整体减排成本的最小化。碳交易系统可以形成市场化的碳价格，这样企业就可以根据实际情况选择技术革新，提高能效或者是购买碳排放额度。

       由此，碳交易制度有两点优势。其一，碳交易制度是逆经济周期的，可以起到自动稳定器的作用。经济萧条时期碳排放少，市场上的二氧化碳需求减少，价格下降，需要购买碳排放量的企业减轻经济负担。反之，在经济高涨时期，对企业碳排放产生抑制效应。其二，减少政府干预。碳税的制定设计中有很多政治博弈，政策的制定、通过和实施经过时间较长，使得效率下降。而碳交易体系相对来讲受到政府的干预较小，一旦配额分配完毕，政府对于碳交易市场几乎是不干预的。

       与碳交易中灵活的碳价不同，碳税是对二氧化碳赋予一个价格，这个价格具有刚性。实际上，碳税最大的问题即在于，很难确定最合理的税率，税率太低不会带来实质性减排，税率太高会对整个实体经济造成影响。

       但是相对于碳交易制度，碳税的优势主要表现在以下几个方面：第一，覆盖范围广泛;第二，不需要额外建立监督管理机制;第三，价格稳定，从而使得企业能够更好作出如何减少排放的决策;第四，更容易适应排放绝对增长的国家。

       通常认为，碳交易制度在固定的大型排放设施的排放控制上更为适宜，而碳税在小型、分散的排放设施上更加适用。而更重要的是，基于碳交易制度发展形成的碳金融市场，可能带给节能减排一个巨大的市场激励价值，碳可以发展成类货币的职能，这点是碳税远不能及的。从制度层面来看，碳交易可以作为根本性的低碳制度安排。在某种程度上，对于中国节能减排的成败而言，碳交易制度会占据更高的战略地位。

       由于我国主要的碳税研究专家主张将碳税的征收放在生产环节，一切涉及化石能源生产和使用的排放都可以征收碳税。这样容易导致一个结果，即碳税和碳交易两种制度的覆盖范围有高度重叠的可能性。