配额是指排放二氧化碳的权利，每个配额都授予持有者排放一吨二氧化碳的权利。在EU ETS的第一阶段和第二阶段，成员国被授权在其行业内将配额分配给各个实体。各个成员国需要制定每个实施阶段的国家分配计划（National Allocation Plan,NAP）。欧盟成员国在制定该国家分配计划的时候享有很大的自主权。国家分配计划的主要内容包括一个国家的配额总量，分配方法以及分配到每个纳入实体的配额等。

由于其特殊的法律和政治背景，欧盟没有权利批准各个成员国所提交的NAP，但可以审核并且拒绝各个国家分配计划的内容。在制定国家分配计划的过程中，欧盟扮演的是一个协调和指导性的角色。在第一阶段，在如何制定国家分配计划方面并没有官方的指南，欧盟委员会旨在帮助各个成员国弥补各个法律机构和利益相关方之间的知识差距，在ETS的各个指令中只提供非官方的文件来就国家分配计划的制定提供实际操作步骤，并且提供详细指南说明欧盟委员会如何解释ETS指令下的各个评估标准。欧盟委员会于2005年12月（欧盟委员会2005c）发布了针对第二阶段的指南文件，并于2006年11月发布了指南更新文件，旨在对各参与国分配计划的制定提供法律性文件（指南）。这两个指南以一种在欧盟层面上更加和谐的方式，为各个成员国制定其国家分配计划提供更加直接的指导。