能源管理体系试运行6个月后，进入认证阶段。认证通过的，由认证机构核发《能源管理体系认证证书》。2013年已通过认证的9家单位，如果在2015年9月30日前认证证书到期，应于到期日之前按照《能源管理体系要求》（GB/T23331—2012）完成体系文件转版并有效运行。

       通过认证的重点用能单位应当于2015年9月30日前，将《能源管理体系认证证书》（复印件加盖公章）和《能源管理体系认证奖励申请表》（详见附件）报送属地区县发展改革委、质监局，其中：2013年通过认证的9家单位应于2014年10月30日前报送材料。2015年10月15日前，各区县发展改革委、质监局初审汇总后报送市发展改革委、市质监局。2015年11月10日前，市发展改革委、市质监局组织专家对认证效果进行验收、抽查。2015年11月30日前，市发展改革委、市质监局、市财政局联合发布通过能源管理体系认证的重点用能单位名单，并按标准给予重点用能单位相应的奖励资金（2013年通过认证的9家单位的奖励资金，于2014年底前拨付）。

       247家重点用能单位和163家重点排放单位作为能源管理体系和碳排放管理体系的建设主体，负责承担相关认证、咨询费用。市财政对于通过能源管理体系认证的单位给予一次性资金奖励，其中：年综合能源消费量1万吨标准煤以下的，奖励10万元；1万吨标准煤（含）—5万吨标准煤的，奖励11万元；5万吨标准煤（含）—100万吨标准煤的，奖励13万元；100万吨标准煤以上（含）的，奖励15万元。市财政安排工作经费，保障委托评价、专家咨询、培训等相关工作开展。鼓励区县对各单位开展能源管理体系和碳排放管理体系建设给予奖励（补助）。奖励（补助）资金使用应当符合财政资金使用的相关规定和审计要求，专项用于能源管理体系和碳排放管理体系建设相关工作，各相关单位不得截留、挪用。