从公平性角度看，税收是优选的政策。如果采用初始排放权免费配给制度，像上文所述，它相当于将全社会的收入免费送给这些排放企业，这不可避免地会产生寻租的问题。这样一方面有关系的企业往往会先得到配额，而没有关系的企业则要加大公关投入，会加重企业的额外负担，造成企业之间竞争的不公平。另一方面，这会强化政府在市场有效运行领域的行政干预，不利于经济市场化改革完善，且容易滋生腐败，与现在提倡建立廉洁高效的政府不符。

如果采用拍卖等方式将排放权卖给企业，这样操作就有较大的公开透明性，即起码在操作层面上能够保证公平。由于产品在市场上流通，购买产品的人都会承担部分成本，确保中高收入者的公平性。这样会损害低收入者的公平性，故可将拍卖排放权所取得的收入以福利的形式分给低收入者。如果采用碳税，则与初始排放权拍卖的排放权交易制度类似，但是碳税本身被认为累退性比较大，故公平性不及前者。