欧盟利用配额拍卖所获得的收入设立了三项基金：NER300、现代化基金和创新基金，前两项主要针对能源生产的转型和脱碳，创新基金则着重支持排放密集型工业的绿色投资。

NER300 是为了在EU ETS第三阶段（2013～2020年）内资助大规模低碳能源示范项目而设立的，共有 20 个成员国的 38 个可再生能源项目和 1 个碳捕获与封存项目获得了NER 300 的支持，资金总额约为21 亿欧元。然而，由于难以获得共同投资（私营或公共部门），其中28 个项目无法筹集到足够的额外资金，不得不退出。从EU ETS第四阶段 （2021～2030年）开始，NER 300 中仍未动用的资金将被转入创新基金的资金池中，重点资助碳捕获和封存项目、工业低碳技术推广和可再生能源项目开发。绿色新政下，2021～2030年创新基金的规模将扩大1/4，资金池总规模超过430亿欧元。

现代化基金成立的目标则是支持低收入成员国能源部门的现代化、多样化和可持续转型。绿色新政下，可获得现代化基金资助的成员国门槛进一步提高，由人均GDP低于欧盟平均水平60%的成员国提高至75% ，希腊、葡萄牙、斯洛文尼亚、保加利亚、克罗地亚、捷克、爱沙尼亚、匈牙利、拉脱维亚、立陶宛、波兰、罗马尼亚和斯洛伐克均可从中受益。而现代化基金的资金池总规模也将扩大到600亿欧元左右。