除了税率之外，如何征管也是改革要考量的重要方面。记者了解到，计征方式的选择与污染物排放税的具体征管模式相关。如果选择税务部门自行征收的模式，由于排污费在废气和废水等污染物的计征方式上涉及环境监测等方面的专业要求，如果由税务部门按此方法进行征收难以满足相关条件，因此可能需要对计征方式进行相应调整。
“从收费改为税收后，我认为税收的征管模式应该是税务主导、环保配合。现在收费主要是由环保部门说了算，有专门的监测部门，比较专业。下一步应该是税务主导，还需要环保部门的专业知识配合。”苏明表示。

此外，多位专家表示，由于二氧化碳排放造成对全球气候变化的影响，因此国际上也将碳税作为生态保护的一个重要税收手段。为了应对全球气候变化和促进国内节能减排，适时开征碳税应该作为环境税的一个重要内容。财科所多位专家建议，希望在2018年左右出台碳税。在起步时把碳税作为环境税的一个税目更现实，社会阻力较小。随后应该逐步把碳税独立出来，作为一个单独的税种，并适当提高税率。

谈及开征环境税对行业的影响，中国社科院财经战略研究院税收研究室主任张斌曾告诉《经济参考报》记者，如果对基础性产品征收环境税的话，会体现在整个价格链条上。“举个例子，如果对电力企业征收环境税，发电行业的利润将下降。企业为了保持利润，可能会提高电价，那么所有用电企业都会承担税负、增加成本。”张斌表示：“短期内，一些行业的利润会受影响，但是从长远来看，企业通过采购环保设备，降低税负，达到减排的效果，利润应该是可以保证的。”