项目的注册（Registration）是『指定经营机构』在完成审定CDM项目的合格性之后，使用『CDM项目活动注册和审定报表』、项目设计文件、东道国书面批复和有关评价问题的解释等资料，准备好审定报告。然后使用UNFCCC秘书处提供的基于互联网的电子文件提交工具，向秘书处传递项目注册的申请。提交了所有文件信息后，『指定经营实体』会自动收到一个唯一的编号，可用来确认注册费的转账情况和查询注册审批的进展。秘书处将决定DOE提交的有关项目注册的所有文件和信息是否齐全。在注册费先行缴纳和秘书处发出关于申请注册文件齐全的确认之后，『项目注册的申请』就算是正式开始并在UNFCCC的CDM网站上公示至少8个星期。

　　在注册环节中，项目参与方需缴纳注册费。注册费是作为CDM行政管理费用收益分配(SOP-Admin,Share of Proceeds for Administration )的一部分应缴款来收取的，具体金额则按照项目活动计入期内预计每年的减排量来计算的。每年15000吨二氧化碳当量内的CERs需交纳0.10美元/CER；超出15,000吨以上的部分按0.20美元/CER收取。无论多大的项目，注册费的总额均不超过350,000美元。每年预计减排量低于15,000吨二氧化碳当量的项目活动不需要交纳注册费。