项目活动的监测（Monitoring）是项目参与方按照项目设计文件所详细描述的监测计划，在项目活动的执行过程中，对有关温室气体减排的所有资料、参数等进行有目的、定期、可复查的记录、收集和归档。按UNFCCC的定义，监测是『为决定基准线、测量某CDM项目边界内的温室气体人类性排放和可适用的泄露，对全部的有关资料进行收集和存档』。因此，注册项目之前监测计划需要得到CDM执行理事会的批准。如同基准线方法学，监测方法也存在正常的『已批准监测方法学』和适用于小规模项目活动的『简化监测方法学』。CDM的模式和程序允许项目参与方对监测计划进行不时的修改，但有关修改需要由DOE审定，并且有关监测计划的修改应在签发CERs之前由项目参与方完成及DOE审定。