据中国碳交易网了解到，CDM/JI市场本身还存在很多不确定性，这给碳基金的投资带来了很大的交易风险，表现在以下几方面：

       CDMOI项目规模与难度的加大。目前在全球CDM/JI项目市场上，CERs买方倾向于低成本、低风险、可产生大量CERs的HFC23和N20分解项目，这类项目只需在现有设备基础上进行较小的技术改进，就可以实现大量的温室气体减排.而且投资回收期短，盈利大。然而，急待开发的可再生能源和能效提高项目，因为属于资金密集型项目，前期需要大量的投资，减排成本较高、风险较大、投资回收期长，产生的CERs较少，碳基金不愿涉足。

       CDM项目复杂严格的审查程序。碳基金投资CDM项目，一般要经历七个基本步骤：项目设计和描述；国家批准；审查登记；项目融资；监测；核实认证和签发CERs。每个阶段都有对应的风险。比如CDM项目审批程序复杂，必须要发展中国家的相关部门审批和联合国注册，经过多个机构审批，一个项目从申请到批准最顺利也需要3-6个月时间，复杂的审批程序可能会给最后的结果带来不确定性；此外不论是否注册成功，前期的设计、包装等费用至少需要投入10万美元。此外，CDM/JI项目的方法学与程序的难度和复杂性也增加了交易成本。因为项目的规则涉及到复杂的方法学。而且目前的方法学还有待于进一步完善。所以，复杂的程序和诸多不确定性，提高了碳基金的投资风险和成本。