清洁发展机制对可持续发展是否有利现在仍然存在争议，根据一位分析师的说法：“很明显，即使是在CDM项目初期的准备阶段，投资者的最大利益与CDM项目的可持续发展目标之间就存在着互相制约的关系，后者最有可能通过再生能源等项目计划来实现，而此类计划又有助于在发展中国家筹措必要的能源基础设施建设的投资，但此类项目对于投资者来说成本过高，相比之下，一些减排潜力大的项目，如氟化气体削减项目，它们并没有多少可持续发展前景，但是却能够提供最小成本的京都减排单位。”
在92个正在审核或已经注册的项目中，两个HFC23项目就占到了预计的经核证减排量CERs总量的30％，HFC和土地利用项目将占到经核证减排量CERs总量的3/4。项目类型上，大部分的项目都是关于水电、生物能和垃圾填埋地转化能源的项目，只有三个
节能项目，一个能量分配项目，没有太阳能项目。
这些类型的项目之所以具有吸引力，是因为它们的投资比其他项目（例如可再生能源项目的投资）的投资小；能够产生更多的信用额（因为项目所要替代的气体比CO2的温室效应更大）；并且它们可以迅速有效的替代现有设备。还有一个方面就是，这些项目可以通过很低的成本优势进入
市场，大大降低了经核证减排量CERs的市场单价，这就使得其他类型的项目无法实施。这些项目主要集中在巴西和印度，只有一个项目是在非洲。因为这些较大的国家具有较稳定的投资环境和更好的管理能力，理所当然的他们也就更能吸引以获利为目的的投资者。
小项目在实现“发展红利”方面更为有效，这点被人们普遍认知，但交易成本高，漫长的官僚程序让这些小型项目在清洁发展机制下难以发展。尽管清洁发展机制执行理事会已采取了特殊的规则以鼓励小规模工程，其中涉及降低注册费及证件和审计程序的简化，即使如此，小型项目的成本仍然相当高。
