建立EU ETS的目的是利用市场机制来应对气候变化。为了更有效地降低减排成本，欧盟提出建立统一的欧洲碳市场，利用市场机制来解决气候变化问题。同时，建立这种市场还能为将来建立全球性排放交易市场提供理论和经验支持。
 
    1986年公布的《单一欧洲法令》（The Single European Act）和1997年通过的《京都议定书》为利用市场机制应对气候变化提供了法律支持。1986年的法令正式提出建立欧洲各国的政治合作和单一的欧洲市场，强调气候变化是一个跨国界的、全世界共有的问题，需要寻找一种成本有效的应对办法。1997年，在日本京都召开的第三次缔约方大会上，通过了《京都议定书》。2005年2月16日《京都议定书》正式生效，这意味着工业化发达国家的温室气体减排目标和责任具有了法律约束力。
 
    EU ETS从草案提出到实施历时4年。根据《京都议定书》中8%的减排承诺目标，欧盟部分成员国在1998年6月签署了一个费用分摊协议，同月，欧盟委员会发布题为《气候变化：后京都议定书的欧盟策略》（Climate Change: Towards an EU Post-Kyoto Strategy）的报告，提出应该在2005年前建立欧盟内部的交易体系。2001年，EUETS意见稿提交并正式讨论；2002年10月，欧盟议会通过了该意见稿；2003年7月经修改的意见稿在欧盟议会和部长理事会上通过；同年10月13日，2003/87/EC排放交易法令正式生效，规定EUETS从2005年1月起开始交易。