EU ETS交易第一阶段作为试验性阶段，虽然出现了一些问题，但也积累了许多宝贵经验，推动了第二阶段交易顺利进行。2005年1月EU ETS正式开始交易。2006年11月，欧盟委员会对EUETS的运营情况进行报告，并且第二阶段国家分配计划（NAPⅡ）首次被纳入议程。2008年1月1日，EU ETS进入第二阶段。2008年1月23日，欧盟委员会公布了EU ETS交易第三阶段的提议意见稿。
 
    展望第三阶段，欧盟提出了“3个20%”的减排目标（即到2020年减少CO2排放20%，减少能源使用20%，可再生能源使用占能源使用总量的20％），将有力助推EUETS的发展壮大。